目前，深圳的新型科研机构主要有：深圳清华大学研究院、中国科学院深圳先进技术研究院、深圳华大基因研究院、深圳光启高等理工研究院。
关键在于体制机制灵活
为了吸引一流大学、国立科研机构、国际化创新团队入驻深圳，创办新型科研机构，深圳尤其注意借助灵活的体制机制。从体制机制上看，深圳新型科研机构主要分为四类：一是理事会主导、企业化运营的单轨制。二是理事会和国立科研机构共同主导的双轨制。三是实行产业化经营的民办官助的科研机构。四是以科研为盈利模式、实施企业化运营的纯粹民办科研机构。
特征在于创新能力强
由于汇聚了一流人才，设立了产业化导向的研究所和实验室，深圳新型科研机构的突出特征是创新能力强，主要体现为以下四个方面：
一是汇聚了大量创新人才。深圳清华大学研究院建成深圳最大的企业博士后工作站；中科院深圳先进技术研究院将“人才一流”放在首位；深圳光启高等理工研究院拥有一支超过300人的国际化创新团队；深圳华大基因研究院由于有独特的人才培育模式，吸引并聚集一大批青年俊杰。
二是设立了大量创新载体。深圳清华大学研究院依据深圳市及国内外科技、产业发展趋势和企业需求组建技术支撑平台。中科院深圳先进技术研究院设立了5个研究所。深圳光启高等理工研究院建设了国家、广东省和深圳市重点实验室与工程实验室。深圳国家基因库由深圳华大基因研究院组建及运营。
三是承担了大量创新项目。深圳清华大学研究院承担了包括国家863、973、国家重大专项、科技支撑计划、国家自然科学基金重点项目等重点课题。截至2013年6月，中科院深圳先进技术研究院获得纵向项目1052项，经费10.74亿元。深圳光启高等理工研究院主持了863主题项目“超材料及其相关器件关键技术研发”，成为我国超材料技术的领军机构。深圳华大基因研究院先后完成了国际人类基因组计划“中国部分”（1%）、国际人类单体型图计划（10%）等多项具有国际先进水平的科研工作。
四是诞生了大量创新成果。深圳清华大学研究院申请专利200多项，其中70%以上是发明专利；深圳光启高等理工研究院2010年成立至今已申请超材料领域专利2324件，占该领域全球申请总量的86%；深圳华大基因研究院作为全球领先的高通量生物学研究机构，在全球拥有7000多家合作单位、20000多位合作伙伴，为一系列大型基因组科研计划和国际合作项目提供了科研服务。
奥秘在于没有固定的模式
如果说深圳新型科研机构有奥秘的话，那么奥秘就在于没有固定的模式。可以说，深圳每个新型科研机构都有自己的模式，主要体现为：
深圳清华大学研究院创立了“四不像”理论：研究院既是大学又不完全像大学，文化不同；研究院既是科
研机构又不完全像科研院所，内容不同；研究院既是企业又不完全像企业，目标不同；研究院既是事业单位又不完全像事业单位，机制不同。
中科院深圳先进技术研究院构建了以科研为主，教育、产业、资本为辅的微型协同创新生态系统，目标是创建学术水平与国际接轨、科研成果与产业接轨的国际一流工业研究院。
深圳光启高等理工研究院引入国外非营利性研究机构的运营模式，构建起一个达到国际水平和符合国际惯例的高水平研究机构：一方面它用国际上主流科研机构的终身制来激励青年科学家，另一方面它在创新与产业化之间建立起无缝连接。
深圳华大基因研究院坚持以基因组为基础的科学发现到技术发明和产业发展的“三发”联动和以国际竞争和接轨的大科学项目为引领的带学科、带产业、带人才的“三带”发展机制。
目标在于科研成果转化和产业化
深圳新型科研机构瞄准科研成果转化和产业化这一终极目标，取得了很大成绩。主要体现为以下五个方面：
一是建立孵化器和产业育成基地，孵化大量企业。深圳清华大学研究院先后孵化企业600多家。中科院深圳先进技术研究院确立了“三个突破”（低成本健康与高端医疗影像、服务机器人、电动汽车）和“五个培育”（CIGS薄膜太阳能电池装备及技术、大数据与智慧城市、先进电子封装材料、纳米载药与单抗药物、神经工程与骨关节材料）的重点领域。
二是实施技术转移。深圳清华大学研究院先后与200多家企业签订技术合同400多项，组织实施了高端半导体激光器等150多项科技成果转化，技术创新产出价值100多亿元。而在横向项目方面，中科院深圳先进技术研究院共签订工业委托开发及成果转化合同286个，总合同额1.8亿元。
三是组建产业联盟。中科院深圳先进技术研究院牵头组建了两个百亿级的产业联盟——低成本健康产学研资联盟、机器人产学研资联盟，一个千亿级的产业联盟——深圳市北斗卫星应用产业化联盟。深圳光启高等理工研究院携手华为、中兴等11家上下游单位，成立“深圳超材料产业联盟”。
四是承接科学研究服务外包。深圳华大基因研究院能低成本提供基因测序服务，因此获得全球药企巨头的基因测序服务外包订单。
五是打造产业化基地。深圳超材料产业基地以深圳光启高等理工研究院为核心，聚集大规模超材料上下游科技创新群体。深圳华大基因研究院与武汉国家生物产业基地签署合作协议，将在武汉光谷整体投资100亿元人民币，全面打造涉及生物医药、生物农业、生物能源、生物制造和生物环保等领域的产业化基地。
支撑在于科技金融
受益于深圳发达的金融业，深圳新型科研机构在发展过程中以科技金融为支撑，主要体现为四个方面：
一是新型科研机构自身设立创投公司、创投基金和天使基金，或引入风险投资。深圳清华大学研究院1999年创建力合创业投资公司，主要对科技成果转化项目进行投资。中科院深圳先进技术研究院拥有1支天使基金，3支风投基金。深圳光启高等理工研究院在起步阶段就引入风险投资促进研究成果转化。
二是新型科研机构发起海外收购。2012年深圳华大基因研究院通过其全资子公司BetaAcquisitionCorporation向美国CompleteGenomics公司发出现金收购。2013年3月，深圳华大基因研究院宣布完成对CompleteGenomics公司的全额收购，补上了其在基因检测设备上的空白，建立起基因检测的全产业链。
三是新型科研机构设立私募基金。为了支持超材料产业联盟快速发展，深圳光启高等理工研究院设立了一个20亿元的私募基金——超材料产业基金。该基金专注投资超材料领域新兴产业，在扶持超材料产业联盟上下游企业的同时，还引领各类投资机构对超材料产业的早、中期项目进行持续的配套投资，直至企业成功上市为止。
四是新型科研机构在科技金融领域大胆创新。为强化科技与金融的结合，深圳清华大学研究院2013年在前海发起设立了力合金融控股公司，形成了以创投公司、基金公司、科技小贷公司、科技担保公司、融资租赁公司为核心的金融产业链，同时联合国家开发银行和深圳市政府发起创办深圳前海科技银行，立项申请已报中国银监会审批。
深圳发展新型科研机构的启示
深圳发展新型科研机构的经验给其他省市和国家层面的科技体制改革带来的启示主要有：
第一， 科教资源贫乏的城市可以通过发展新型科研机构夯实创新能力。新型科研机构与企业一样，可以弥补当地创新能力不足尤其是科学研究能力不足的短板。
第二， 科技资源丰富的城市也可以通过发展新型科研机构进一步提升创新能力。深圳另辟蹊径，以新型科研机构为创新载体，吸引国际一流创新团队入驻，取得了很好的效果。
第三， 大学和国立科研机构可以通过新型科研机构获得异地生根和发展的机会。两方或多方共建新型科研机构，可以轻而易举地突破人力、物力和财力的限制，使得大学和国立科研机构可以按照全新的体制机制，在异地生根和发展。
第四， 国际化的创新团队可以通过民办、非营利的新型科研机构获得跨越式发展。国际化创新团队在创业时看中的是体制机制的灵活度和对创新创业的宽容度，因此才会有国际化创新团队南下深圳创新创业。
第五， 基础研究不仅体现为论文，也可以体现为专利和产业化。深圳华大基因研究院的经验表明，基础研究与应用研究二者的界限早已模糊，深圳华大基因研究院一方面在基础研究领域有产出，在国际一流科学刊物上发表大量论文，另一方面深圳华大基因研究院也在大量申请专利，并承接基因测序服务外包订单。
第六， 缺乏科技金融的支撑，新型科研机构无法实现从科研到产业化的腾飞。新型科研机构不是纯粹的科研机构，也不是纯粹的企业，而是将科研、产业、金融乃至教育结合在一起的新兴业态。
第七，新型科研机构的理事会制度值得推广。深圳新型科研机构毫无例外都实行与国际接轨的理事会制度，这种新型的治理结构切合当前我国科技体制改革的需要，对于我国现代大学制度建立和现代科研院所制度改革有着积极的探索意义。